2006 में अलीगढ़ नगर निगम के अस्तित्व में आने के उपरान्त निगम ने विश्वविद्यालय को मिलने वाली यह छूट समाप्त कर दी थी जिसके विरूद्ध विश्वविद्यालय ने इलाहाबाद उच्च न्यायालय में याचिका दाखिल कर दी थी जो विचाराधीन है।

 अलीगढ़ /अलीगढ मुस्लिम विश्वविद्यालय ने स्पष्ट किया है कि विश्वविद्यालय से संबन्धित अलीगढ़ नगर निगम के बकाये के मामले के समाधान के लिये भारत सरकार के शिक्षा मंत्रालय तथा विश्वविद्यालय अनुदान आयोग को पत्र लिखा गया है।

अमुवि ने यह भी स्पष्ट किया है कि यह मामला इलाहबाद उच्च न्यायालय में लंबित है तथा अलीगढ़ स्थित स्माल काज़िज़ कोट में भी अमुवि द्वारा दाखिल याचिका पर सुनवाई चल रही है।
ज्ञात हो कि अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय अपने परिसर में स्थित आवासीय भवनों का टैक्स अदा करता रहा है जबकि कक्षाओं, प्रयोगशालाओं तथा पुस्कालयों आदि से संबन्धित भवनों पर अलीगढ़ नगर पालिका द्वारा पूर्व में टैक्स से छूट प्रदान की जा चुकी है। 2006 में अलीगढ़ नगर निगम के अस्तित्व में आने के उपरान्त निगम ने विश्वविद्यालय को मिलने वाली यह छूट समाप्त कर दी थी जिसके विरूद्ध विश्वविद्यालय ने इलाहाबाद उच्च न्यायालय में याचिका दाखिल कर दी थी जो विचाराधीन है।  
अमुवि ने बताया कि विश्वविद्यालय परिसर में स्थित नगर निगम के नलकूपों तथा वाटर सप्लाई पर होने वाले बिजली के व्यय के मद में विश्वविद्यालय के 9 करोड़ रूपये अलीगढ़ नगर निगम पर बकाया हैं।
उल्लेखनीय है कि बनारस हिन्दू विश्वविद्यालय तथा कई और केन्द्रीय संस्थानों को उच्च न्यायालय द्वारा हाउस टैक्स से छूट प्रदान की जा चुकी है तथा कक्षाओं, प्रयोगशालाओं तथा पुस्कालयों पर किसी प्रकार का टैक्स नहीं लगाया जाता।
विश्वविद्यालय ने इस बात पर चिंता व्यक्त की है कि अमुवि के बैंक एकाउंट पर रोक से कोविड-19 संक्रमण के विरूद्ध विश्वविद्यालय के जवाहरलाल नेहरू मेडिकल कालिज द्वारा जारी जंग पर विपरीत प्रभाव पड़ेगा।
स्पष्ट हो कि जवाहरलाल नेहरू मेडिकल कालिज में इंडियन कौंसिल आफ मेडीकल रिसर्च तथा नेशनल इंस्टीट्यूट आफ वायरोलोजी के सहयोग से भारत बायोटेक द्वारा निर्मित कोविड-19 संक्रमण निरोधक टीका कोवैक्सीन के तीसरे चरण का परीक्षण जारी है तथा 1000 स्वयं सेवियों को प्रारंभिक 2 खुराकें दी जा चुकी हैं। यह परीक्षण अगले 6 महीने तक जारी रहेगा। इसके अतिरिक्त कोविड-19 द्वितीय स्तर के अस्पताल के रूप में जवाहरलाल नेहरू मेडिकल कालिज अग्रणी भूमिका निभा रहा है तथा कालिज द्वारा अब तक 2 लाख से अधिक कोविड जांच की जा चुकी हैं।